다른 기관과 함께할 때 국경없는의사회의 프로그램과 이를 이용하는 주민들에게 유익하다고 판단되는 활동일 경우, 타 기관과 협력하여 활동하기도 합니다.
독립적으로 활동하는 경우에도 중복 활동을 피하기 위해 해당 지역에서 활동하는 다른 기관들과 협력하며 정보를 공유합니다. 치안 정보 역시 공유합니다.
병원과 보건센터를 설립하고 더 많은 지역에 들어가 활동하는 데 필요한 협상과 서면 동의를 진행하기 위하여, 국경없는의사회는 최대한 해당 국가의 보건부와 긴밀히 협력하고자 합니다. 국경없는의사회는 보건부의 체계 안에서 활동하며, 보건부 직원들과 더불어 일하고자 합니다.
국경없는의사회는 지역사회 동의 및 중립성 강화를 위해 정부 관료, 반군 지도자, 지역사회 연장자 등 갈등의 다양한 이해관계자들과 긴밀히 소통하려고 노력합니다. 이로써 다른 기관들과 다른 우리의 의료적 목적과 중립성, 독립성을 확실히 하고자 합니다.
국경없는의사회는 프로젝트를 인수인계할 때 다른 비정부 기관들과 협력합니다. 예를 들어, 어떤 마을이 더 이상 의료적 긴급 상황은 아니지만 여전히 깨끗한 식수는 필요할 수도 있습니다. 이러한 경우, 우리는 개발 활동을 특화로 하는 옥스팜과 같은 다른 기관에 그 프로젝트 지역을 인계할 수도 있습니다.