국경없는의사회는 활동의 투명성과 책무성을 지키기 위해 재정 운영을 공개하고 있습니다. 운영의 독립성과 유연성을 지키기 위해 민간 기부금을 높은 비율로 유지하고 있으며, 모금 활동과 행정 운영 비용을 최소화하고 전체 후원금의 80%를 구호 프로그램을 위해 사용합니다.