국경없는의사회의 진정한 '본부'는 없습니다. 최초에 프랑스에서 기관이 설립하였지만, 현재에 이르기까지 전 세계 29개국 사무소를 설립해 오며 국제적인 단체로 성장했습니다. 29개 사무소 가운데 5곳의 운영센터(Operational Centers, OCs)를 두고 국경없는의사회의 모든 현장 프로그램을 직접 관리하고 있습니다. 운영센터는 파리, 제네바, 브뤼셀, 암스테르담, 바르셀로나에 위치해 있습니다. 운영센터 외의 다른 사무소에서는 운영센터의 프로그램 운영과 커뮤니케이션, 인력 채용, 모금 업무 등을 지원하고 있습니다.